Pelin tapahtumat sijoittuvat taistelukentälle, missä Pokémonit taistelevat vuoropohjaisissa, taktikointia vaativissa taisteluissa. Sotapäällikkönä voit ohjata Pokémonisi taisteluun! Komenna joukkueesi sotureita ja heidän Pokémonejaan. Kaikilla sotureilla on erikoiskykyjä, joita he voivat käyttää auttaakseen Pokémonejaan taistelukentällä. Rekrytoi sotapäälliköitä ja sotureita voittamalla heidät ainutlaatuisissa taisteluissa, joita ei ole koskaan aikaisemmin nähty Pokémon-pelissä. Kun hankit linnoja saat avattua samalla uusia Pokémoneja, sotapäälliköitä ja sotureita sekä uusia koulutustapoja.Pokémon Conquest on pelattavissa myös Nintendo 3DS:llä 2D-tilassa.
