Pandora's Tower sisältää reaaliaikaisia taisteluita, liikeohjausta, useita erilaisia loppuratkaisuja sekä ainutlaatuisen suhdejärjestelmän. Pelin eeppinen tarina tempaisee pelaajan mukaansa useiksi tunneiksi.Pelissä ohjataan Aeron-nimistä sotilasta, joka taistelee pelastaakseen rakkaan ystävänsä, Elenan salaperäiseltä kiroukselta, joka muuttaa hänet vähitellen demoniseksi olennoksi. Taistelemalla tiensä läpi linnoituksen tornien Aeron pystyy pelastamaan rakkaansa hirvittävältä kohtalolta. Käyttämällä miekkaansa ja maagista ketjua Aeronin täytyy kukistaa torneissa vaanivia hirviöitä parantaakseen Elenan kiroukselta.
