Seuraavien vuosien kuluessa hän hankkii ystäviä ja vihollisia renesanssikauden Italian vaarallisimpien hahmojen joukosta ja huomaa, että temppeliritarikuntaa ei tuhottukaan, vaikka historia väittää toista. Temppeliritarit suunnittelevat edelleen maailman ottamista haltuunsa. Hänen on opittava kaikki assassiinien taidot estääkseen temppeliritareita sammuttamasta valistuksen liekkiä. Jos hän epäonnistuu, maailmaan palaa pimeä keskiaika. Hän huomaa myös, että kirjoituksen löytyminen ei ollut sattumaa vaan osa paljon laajempaa suunnitelmaa, joka ulottuu aina nykyaikaan saakka.
